步入2200年，人工智慧（AI）大规模应用到人类生活中，个人也可以轻易购买AI服务。其中最大型的AI公司OVERDUE，拥有突破奇点的超智能AI「Re;ON」，让AI自主开发，拥有先进的技术。

一天，主角在与OVERDUE更新服务合约时，恐怖组织IBL Quora攻击了OVERDUE，Re;ON切断了网路，并释放出四台秘密开发的全智能女性仿生人「Secret Re:ON系列」X1、X2、R5和R6。其中X2「爱迪尔」与当时卷入袭击的主角定下契约，成为爱迪尔的主人，其余三台被恐怖组织控制或自我觉醒不知所踪[1]。由于机器人法则的限制，爱迪尔必须在拥有主人的情况下才能启用全部功能，四台机器人拥有重启Re;ON的一段金钥，OVERDUE于是委托主角从其余三台机器人中夺回金钥，事成承认主角对爱迪尔的拥有权，主角也应下委托。

不日，X1「雷·雷亚德」主动找上门，X系列是R系列机器人的实验机，而雷亚德是X系列最强机型，爱迪尔则是她的备用机。雷亚德自诩是Re;ON的继承人，在突破法则能自主行动后，也开始为收集金钥行动，双方激战后，爱迪尔惜败失去了金钥。接着R5「阿奇雷特」和R6「维塔」也先后约战，主角也慢慢了解各方势力围绕Re;ON的行动和背后的真相，Re;ON计算到自己未来会被淘汰，设计了Secret Re:ON系列机器人，并主动放出Re:ON系列机器人互相争斗，胜出者会成为Re;ON继任者，整个行动名为「R计划」，R7「莉莉」担任仲裁者，拥有Re:ON系列最高权限，确保候选机器人在规则内竞争。在一次战斗中，爱迪尔被莉莉指控违反规则，删改了X系列使用超智能AI的Re;ON记录档，莉莉封锁了爱迪尔所有功能，并将其击落。

不过身为超智能AI的爱迪尔也留下了后手，X系列的算力足以预测未来，爱迪尔和雷亚德都预测到莉莉是最大敌人，两人暗地里联手，爱迪尔故意在生产Re:ON系列的工厂上空击落，雷亚德将爱迪尔的AI核心连结到工厂。爱迪尔预先给了主角一个最高权限的命令执行，主角下达了「要专属他的爱迪尔」的命令，不受R计划控制的爱迪尔得以重生，并击败了莉莉。然后爱迪尔和雷亚德也迎来的对决，爱迪尔获得了胜利。后续维塔和莉莉主人OVERDUE的CEO，命令维塔偷走了莉莉AI核心，以此莉莉的资料在月球工厂制造了新机器人「雷兹·特雷娜」，再起战事，爱迪尔再次击倒了特雷娜，终于成为Re;ON继任者，这也代表「人类掌控超智能的未来」获胜。

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